温州慧中公学中学部将国家课程校本化，有分层分类课程，有特色选修课、游学、研学、项目化学习及综合实践课程，还有书院课程、援助课程等。为孩子提供面向未来多元、可选择的学习型课程，为孩子提供丰富真实、可探索的学习场景。让学生在持续的选择中帮助学生发现自我，完善自我，超越自我。

学校将课程按照学生的思维水平和学习能力，分成I、II、III层课程及竞赛、强基和高端实验课程，通过学习目标引领、学习任务驱动、学习工具设计、脚手架搭建，步步为营，让学生深入理解和扎实掌握知识的同时，激发学生的思维走向高阶，真正成为面向未来的问题解决者。除此之外，学校还拥有丰富的艺术、技术、体育课程。学生可以按照自己的兴趣和未来发展方向，设计个性化的课程方案，学会自我规划和人生设计，成为心中有目标、眼中有方向、执行有信念的领袖型人才。